2006年3月，時任全國人大常委會副委員長、中國科學院院長路甬祥致信山東省委書記張高麗，提出在山東建設新的研究機構。2006年5月16日，中國科學院、山東省人民政府及青島市人民政府簽署共建備忘錄。

2006年7月5日，共建三方籌建領導小組舉行第一次會議

    2006年9月17日，中國科學院與山東省人民政府、青島市人民政府三方簽署共建協議，一個新的研究機構孕育而生。                         　　

2007年5月11日，研究所開工奠基儀式在青島嶗山區舉行

　　  2008年9月17日，研究所嶗山園區正式投入使用　　 

     2009年7月22日中編辦批準建所。2009年11月30日經過創業者們的多年拼搏，研究所順利通過共建三方驗收，宣布正式成立。

　　  2011年8月11日，中科院和青島市又共同簽署建設研究所“二期”協議，研究所邁上了跨越發展的新征途。